檔案整理的方法有兩種：一是以“案卷”為單位整理。二是以“件”為單位整理。以“案卷”為單位整理就是立卷，即按照文件材料在形成和處理過程中的聯系將其組合為案卷。所謂案卷，就是一組密切聯系的文件的組合體。立卷是一個分類、組合、編目的過程。分類即按照立檔單位的檔案分類方案，對文件材料進行實體分類；組合即將經過分類的文件材料，按一定形式組合起來；編目即將經過組合以后的文件材料，進行系統排列和編目。

  檔案整理類型
  ①系統排列和編目
  在正常條件下，檔案室接收文書部門和業務部門按照歸檔要求立好的案卷，檔案館接收各機關按照入館要求整理移交的案卷。檔案館和檔案室的整理任務，主要是檢查案卷質量，制訂館(室)內分類排列方案，進行案卷和全宗的系統排列以及案卷目錄的加工。
  ②局部調整
  對已接收但不完全符合整理要求的案卷，進行必要的部分加工整理;對由于遭受損失、銷毀與移出等各種原因致使整理體系發生重大變化的檔案,進行新的系統化調整。
  ③全過程整理
  對必須接收和征集的零散檔案，進行包括整理工作全部內容的系統化和編目。
  檔案整理要求保持文件之間的歷史聯系，便于保管利用。文件之間的歷史聯系是指文件在產生和處理過程中形成的內部相互關系，主要表現在文件的來源、時間、內容和形式等方面的聯系。維護文件之間的歷史聯系有時可采用不同的方法，在優選時應以便于檔案保管和利用為其最高要求，并使二者統一起來。
  檔案整理工作的意義
  (一〕整理工作是檔案工作的起點
  檔案整理工作是檔案工作其他環節的重要基礎，沒有起點其他環節就不復存在。檔案工作的對象是檔案，如果沒有檔案也就不會有檔案工作。檔案整理的齊全與否，直接影響檔案工作其他環節，尤其是直接影響到社會各方面對檔案的有效利用。
  (二)整理工作是檔案館(室)貫徹集中統一、分級管理原則的重要措施
  檔案是黨和國家的寶貴財富，對國家規定應該歸檔的各種門類和載體的檔案，各單位不得分散保存，任何個人更不能據為己有。只有通過行之有效的檔案收集工作，才能把檔案集中到各機關檔案室和各級各類檔案館，形成統一的檔案信息保管基地，實行集中統一、分級分專業科學管理。
  (三)整理工作是決定檔案工作存在和發展的重要條件
  檔案數量的多少決定檔案工作規模的大小，檔案的質量高低決定檔案工作的水平高低。檔案館(室)所管理的檔案是靠收集工作取得的，只有收集工作搞好了，才能有效地開展整理、鑒定、保管、編研等工作，檔案工作才能存在并得到發展。